1989年、大学生ジャーナリストとして地元のライフスタイル誌『25th Parallel』で音楽記事を執筆していたマリリン・マンソン(本名:ブライアン・ヒュー・ワーナー)を中心に、フロリダにてMARILYN MANSON & THE SPOOKY KIDSを結成。翌年に、初のデモテープを制作。92年、バンド名をMARILYN MANSONに改名。そして、NINE INCH NAILSのトレント・レズナーに認められ、トレント自身が創立した新レーベル『Nothing Records』に迎え入れられる。93年、デビュー・アルバム「PORTRAIT OF AN AMERICAN FAMILY」をリリース。

96年、2ndアルバム「ANTICHRIST SUPERSTAR」を発表し、全世界で700万枚を超えるセールスを記録する。98年、3rdアルバム「MECHANICAL ANIMALS」をリリース。バンド史上初の全米No.1を獲得。そして、2000年に4thアルバム「HOLY WOOD(IN THE SHADOW OF THE VALLEY OF DEATH)」をリリースし、900万枚のセールスを全世界で記録。この作品と、「ANTICHRIST SUPERSTAR」、「MECHANICAL ANIMALS」を含む3枚は、ロック・オペラ・コンセプト・アルバム三部作として、バンドのキャリアにおいて最重要な作品群と称される。

03年、通算5作目「THE GOLDEN AGE OF GROTESQUE」を発表。このアルバムを最後に、ジョン・5が脱退。4年振りの6thアルバム「EAT ME, DRINK ME」をリリース。そして08年に、トゥイギーの復帰がアナウンスされ、翌年の09年に、7thアルバム「THE HIGH END OF LOW」を発表。全米初登場4位を記録する。2012年2月、『Soundwave Festival』に出演するオーストラリアン・ツアーから、「BORN VILLAIN」をサポートする『Hey Cruel World…Tour』をスタート。そして2012年4月、通算8作目「BORN VILLAIN」を世に送り出した。

2014年、バンドは通算9作目のスタジオ・アルバムを完成。2015年1月に、「THE PALE EMPEROR」というタイトルでリリースを迎えた。